温州ミカンの祖先は江戸時代初期に、中国から渡来しました。
そのときのミカンには種がありましたが、江戸時代前期当時の薩摩で栽培されていた時にこのミカンに突然変異が起こり、種無しの「温州ミカン」が誕生しました。
この突然変異で生まれたミカンは「オシベの葯が萎びる」性質と、「種ができなくても、子房（ミカンの実の部分）が肥大する」性質を持っていました。これによって、受粉しなくても実がなります。このミカンが生まれた時代は、こどもがいなければ「御家断絶」で家が途絶えるという江戸時代。このため、種無しのミカンは忌み嫌われ、人気が出るのは明治時代になってからでした。種がないため、温州ミカンは人間の接木のみでしか増えることができません。
しかしながらメシベは種を作る能力を失ってはいないため、父親が別の柑橘の場合、温州ミカンの遺伝子が入った子孫（種）を残すことはできます。例えば清見オレンジは温州みかんの一種、宮川早生(みやがわわせ)を母親に、トロピタオレンジを父親として生み出されました。